根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，合作社合同纠纷处理方式如下：

  1. 协商解决：双方应优先通过友好协商达成一致，修订或解除合同。
  2. 调解程序：可向当地农村土地承包仲裁委员会或人民调解委员会申请调解。
  3. 仲裁途径：若合同约定仲裁条款，可向约定机构申请商事仲裁。
  4. 诉讼程序：协商调解不成时，可向被告所在地或合同履行地法院提起诉讼。

特别提示： 2023年新修订的《农村集体经济组织法》要求合作社合同必须明确成员权利义务条款。