承包合作协议通常包含以下主要内容：
- 合同双方信息：发包方与承包方的名称、地址、联系方式等
- 项目概况：承包工程/服务的具体内容、范围和要求
- 合同期限：开始日期、结束日期及延期条款
- 承包方式：总价承包、单价承包或其他特殊约定
- 价款与支付：合同总金额、支付方式、支付时间节点
- 质量要求：工程质量标准及验收规范
- 双方权利义务：详细约定各方责任
- 违约责任：违约情形及处理方式
- 保密条款：涉及商业机密时的保密义务
- 争议解决：协商、仲裁或诉讼等解决途径
- 合同变更与终止：变更程序及终止条件
- 其他条款：保险、不可抗力、附件效力等
