海关增值税抵扣手续主要包括以下内容：

  1. 取得海关进口增值税专用缴款书（需有海关电子签名）
  2. 确认缴款书信息与进口货物报关单信息一致
  3. 在增值税发票综合服务平台进行勾选确认
  4. 在纳税申报时填写《增值税纳税申报表附列资料（二）》
  5. 保存相关单证备查（包括报关单、合同、付款凭证等）

注意：需在开具之日起360日内申报抵扣，且需符合国家税务总局公告2019年第33号相关规定。