农村土地确权纠纷通常由以下部门负责解决：

  1. 当地农业农村局 - 主要负责农村土地承包经营权确权登记工作
  2. 乡镇人民政府 - 设有农村土地承包经营纠纷调解委员会
  3. 县级农村土地承包仲裁委员会 - 专门仲裁土地承包纠纷
  4. 人民法院 - 对仲裁结果不服可向法院提起诉讼

建议优先通过乡镇调解组织协商解决，调解不成再逐级申请仲裁或诉讼。