申请被征收的土地使用证流程如下：

  1. 准备材料：身份证、征收协议、土地权属证明、补偿证明等。
  2. 提交申请：到当地自然资源局或土地管理部门填写申请表。
  3. 审核材料：相关部门核实材料真实性及征收合法性。
  4. 现场勘查：工作人员对土地进行实地测量和确认。
  5. 缴纳费用：根据规定支付工本费及相关税费。
  6. 领取证书：审核通过后，领取新的土地使用证。

注：不同地区可能存在差异，建议提前咨询当地部门。