拆迁补偿协议公证书具有法律效力。根据《中华人民共和国公证法》第三十六条规定，经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。因此，经过公证的拆迁补偿协议具有更强的法律效力，在诉讼中可以直接作为证据使用。

需要注意的是，公证仅对协议的形式真实性、合法性进行证明，并不代表协议内容一定公平合理。如果协议内容违反法律法规或显失公平，当事人仍可依法主张权利。