软件著作权申请流程如下：

  1. 准备材料：包括软件源代码、用户手册、申请表等
  2. 在线填报：登录中国版权保护中心网站注册并填写申请表
  3. 提交材料：将纸质材料邮寄或现场提交至版权保护中心
  4. 受理审查：官方对材料进行形式审查（约1个月）
  5. 缴费：通过审查后缴纳登记费用
  6. 实质审查：专家对软件进行实质性审查（约2-3个月）
  7. 发证：审查通过后发放著作权登记证书

注：全程通常需要3-6个月，可加急办理