计算机软件著作权登记申请流程如下：
- 准备材料：包括软件源代码、用户手册、身份证明等
- 在线填报：登录中国版权保护中心网站（www.ccopyright.com.cn）注册账号
- 填写申请表：按要求填写《计算机软件著作权登记申请表》
- 提交材料：上传电子版材料或邮寄纸质材料
- 缴纳费用：根据软件类型支付登记费用
- 等待审核：通常需要30-60个工作日
- 领取证书：审核通过后获得著作权登记证书
注意事项：
- 源代码需提供前30页和后30页（每页50行）
- 软件名称需与开发完成日期、首次发表日期一致
- 合作开发的软件需提交合作开发协议
