软件著作权登记申请流程如下：

  1. 准备材料：包括软件源代码、用户手册、申请表等。
  2. 在线填报：登录中国版权保护中心网站提交电子申请。
  3. 提交纸质材料：打印申请表并签字，连同其他材料邮寄至版权局。
  4. 受理审查：版权局对材料进行形式审查（约30个工作日）。
  5. 缴费发证：审查通过后缴纳登记费，领取著作权登记证书。

注：具体流程可能因政策调整而变化，建议以官方最新指南为准。