专利权和软件著作权的主要区别如下：
- 保护对象不同：专利权保护的是技术方案或产品设计，软件著作权保护的是软件代码本身及其表达形式。
- 保护条件不同：专利权要求具备新颖性、创造性和实用性，软件著作权只需具有独创性即可自动产生。
- 保护期限不同：发明专利保护20年，实用新型10年；软件著作权保护期为作者终生加50年。
- 申请流程不同：专利权需要经过实质审查，软件著作权登记采用形式审查。
- 权利内容不同：专利权包含制造、使用、销售等权利，著作权主要控制复制、发行、改编等行为。
从法律效力来看，专利权保护力度更强但获取难度更大，著作权则更易获得但保护范围较窄。
