根据《刑事诉讼法》规定，取保候审期限届满后，司法机关应按照以下程序处理：

  1. 解除取保候审：办案机关应在期满当日制作《解除取保候审决定书》，并通知执行机关解除措施。
  2. 退还保证金：凭解除通知书到指定银行领取全额保证金（未违反规定的情况下）。
  3. 案件后续处理：
    • 若需继续侦查：可能变更为其他强制措施
    • 若证据不足：作出撤销案件决定
    • 若需起诉：移送检察机关审查

注意：当事人有权要求办案机关出具书面处理决定，逾期未处理的可向检察机关申诉。