如果公司商标被侵权，可以向以下部门提起诉讼：

  1. 人民法院：直接向侵权行为发生地或被告住所地的中级人民法院提起民事诉讼。
  2. 市场监管部门：可向当地市场监管局（知识产权局）投诉，由其进行行政查处。

建议先收集侵权证据（如商标注册证、侵权实物等），必要时咨询专业知识产权律师。