商标侵权案件处理流程如下：

  1. 收集证据：保存侵权商品、交易记录、广告宣传等材料。
  2. 发送警告函：通过律师向侵权方发出正式法律文书要求停止侵权。
  3. 行政投诉：向市场监管部门提交投诉，申请查处侵权行为。
  4. 司法诉讼：向法院起诉，主张赔偿损失及停止侵权。
  5. 协商调解：通过谈判达成和解协议（非必经程序）。

注意：建议委托专业律师处理，确保程序合法有效。