公安机关交通管理部门扣押车辆的处理流程如下：
- 扣押依据：因交通事故调查、违法行为查处等法定事由，交警部门可依法扣押车辆。
- 开具凭证：扣押时需出具《扣押决定书》并注明扣押期限、理由及车辆信息。
- 车辆保管：扣押车辆停放于指定停车场，费用由执法机关承担（逾期未处理除外）。
- 处理方式：
- 调查结束后无违法行为的，3日内发还车辆；
- 需作为证据的，最长可扣留30日（经批准可延长至60日）；
- 逾期不接受处理的，公告3个月后依法拍卖或报废。
- 取回条件：当事人需提供有效证件、交强险凭证及违法行为处理完毕证明。
