当业主在楼上马桶扔垃圾时，物业通常采取以下处理步骤：

  1. 现场取证：通过监控或上门检查确认责任住户；
  2. 沟通警告：联系涉事业主，口头或书面告知其行为违规；
  3. 维修清理：安排专业人员疏通管道并承担相关费用；
  4. 处罚措施：根据物业条例收取维修费或上报城管部门。

若反复发生，物业可能通过法律途径追究责任。