当公司申请破产时，股东股份的处理方式通常遵循以下法律程序：

  1. 清偿顺序确定：公司资产将优先用于偿还债务，剩余部分才涉及股东权益分配。
  2. 股份价值归零：若资不抵债，股东股份可能完全丧失价值。
  3. 特殊情形处理：若股东存在未实缴出资，可能需在认缴范围内承担债务。
  4. 破产重整可能：若进入重整程序，股份可能被稀释或强制转让。

具体处理需依据《企业破产法》及公司章程，建议咨询专业律师。