破产债权人持有的股份处理方式主要依据《企业破产法》及相关司法解释：

  1. 股权清算：破产管理人将债权人持有的股权纳入破产财产，通过拍卖、变卖等方式变现后按法定顺序分配。
  2. 债转股协商：经债权人会议同意，可将债权转为重整后企业的新股权（需法院批准重整计划）。
  3. 股权注销：若企业资不抵债且无重整可能，股权可能被直接注销，债权人通过剩余财产分配受偿。
  4. 特殊情形：若股权存在质押/冻结，需优先保障担保权人权益。

注：具体处理需结合破产程序阶段（清算/重整/和解）及债务人资产状况确定。