公司股权转让纠纷的处理方式主要包括以下几种：

  1. 协商解决：双方通过友好协商达成一致，签订补充协议。
  2. 调解处理：通过第三方调解机构或行业协会介入调解。
  3. 仲裁裁决：根据合同约定的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。
  4. 诉讼解决：向法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。

具体选择哪种方式，需结合纠纷性质、合同约定及实际情况判断。