股权转让纠纷案件处理流程如下：

  1. 协商调解：双方优先通过协商或第三方调解解决争议。
  2. 合同审查：核查股权转让协议条款，明确权利义务及违约责任。
  3. 证据收集：整理公司章程、股东会决议、付款凭证等关键证据。
  4. 法律诉讼：向法院提起诉讼，主张合同无效、撤销或履行特定义务。
  5. 执行阶段：依据生效判决办理股权变更登记或追偿损失。

提示：建议委托专业律师处理，确保程序合规并最大化权益保护。