股东因违法犯罪被判处刑罚时，其持有的股份处理方式如下：

  1. 股份冻结：司法机关可依法冻结涉案股东股份，禁止转让或处置
  2. 强制转让：根据《公司法》规定，法院可强制执行股权用于赔偿受害人
  3. 公司章程处置：若章程有相关条款，公司可依规回购或注销该股份
  4. 继承处理：若股东在服刑期间死亡，股份按《继承法》由其合法继承人继承

具体处理需结合案件性质、公司章程及司法判决综合确定，建议咨询专业律师。