退股协议违约金计算通常依据以下方式：

  1. 合同约定优先：按双方签署协议中明确约定的比例或金额计算。
  2. 实际损失赔偿：若未约定，按违约造成的实际损失（如资金占用成本、预期收益等）计算。
  3. 法律上限限制：违约金一般不超过实际损失的30%（依据《民法典》第585条）。

建议在协议中明确违约金条款，避免争议。