公司财务纠纷可以通过以下方式处理：

  1. 协商调解：双方直接沟通或通过第三方调解达成和解协议。
  2. 法律诉讼：向法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。
  3. 仲裁程序：根据合同约定或双方协议提交仲裁机构裁决。
  4. 行政投诉：向相关监管部门（如税务局、工商局）举报违法行为。

建议优先保留交易凭证、合同等证据，必要时咨询专业律师。