在股东出资存在瑕疵的情况下进行股权转让，责任认定需结合以下法律要点：
- 转让方责任：根据《公司法司法解释三》第十八条，原股东未履行或未全面履行出资义务即转让股权，受让人知情的，公司可要求两者承担连带责任。
- 受让方责任：若受让人明知出资瑕疵仍接受股权，需与原股东共同承担补足出资责任；不知情且无重大过失的，可免除责任。
- 责任范围：通常限于应缴未缴出资的本息范围，不因股权转让价格高低而改变。
- 时效抗辩：出资义务不适用诉讼时效，债权人可随时主张权利。
实务中建议通过尽职调查、转让协议明确责任划分，并留存相关证据。
