棚户区改造项目涉及的土地使用税缴纳流程如下：

  1. 确认纳税主体：通常由土地使用权人（开发商或政府指定单位）作为纳税人。
  2. 计税依据：按实际占用的土地面积乘以适用税率计算，具体税率由当地政府规定。
  3. 减免政策：符合国家棚改政策的项目可申请减免，需提交发改委立项文件等证明材料。
  4. 申报方式：通过电子税务局或办税服务厅办理，按季度或年度申报缴纳。

注：具体执行需参照《财政部关于棚户区改造有关税收政策的通知》（财税〔2013〕101号）及地方实施细则。