股权转让协议原件丢失后，可按以下步骤处理：

  1. 登报声明：在市级以上报刊刊登遗失声明，注明协议名称、签署方及日期等关键信息。
  2. 补签协议：与交易方协商重新签署协议，需明确标注"本协议为原件的补充版本"。
  3. 公证备案：对新协议进行公证，或向工商部门申请调取备案的副本。
  4. 法律救济：若存在争议，可凭其他佐证材料（如付款凭证、股东会决议等）通过司法途径确认效力。

注：建议同步检查公司章程、工商登记档案等文件是否留存相关记录。